الباب الأول: نشأة الانحرافات المرتبطة بحركة العلم الحديث وظهورها في العالم الإِسلامي، وفيه خمسة فصول:

الفصل الأول: تعريف موجز بالثورة العلمية الحديثة وما ارتبط بها من نظريات مخالفة للدين، وأثرها في الفكر.

الفصل الثاني: أسباب وجود الانحراف المصاحب للتطور العلمي الحديث.

الفصل الثالث: تاريخ تكوُّن الانحرافات المصاحبة لحركة العلم الحديث في العالم الإِسلامي، وتأثيرها في الفكر التغريبي العربي المعاصر.

الفصل الرابع: أسباب دخول الانحرافات المصاحبة لحركة العلم الحديث إلى البلاد الإِسلامية.

الفصل الخامس: أبرز المواقف العلمية والفكرية في العالم الإِسلامي من العلوم الحديثة ومناهجها، وفيه تمهيد وثلاثة مباحث:

المبحث الأول: موقف الاتجاه السلفي الداعي للتأصيل الإِسلامي للعلوم الحديثة.

المبحث الثاني: موقف الاتجاه العصراني الداعي لتأويل ما توهم تعارضه من النصوص الشرعية مع العلم الحديث.

المبحث الثالث: موقف الاتجاه التغريبي الداعي لتقديم العلم وعدم ربطه بالدين.

الباب الثاني: التأثر المنهجي في الفكر التغريبي بالانحراف المصاحب للعلم الحديث، وفيه ثلاثة فصول:

الفصل الأول: التأثر المنهجي في مصدر التلقي وطرق الاستدلال، وفيه مبحثان:

المبحث الأول: التأثر المنهجي في مصدر التلقي.

المبحث الثاني: التأثر المنهجي في منهج الاستدلال.

الفصل الثاني: التأثر المنهجي في طريقة التعامل مع القضايا الغيبية الاعتقادية وفيه مبحثان:

المبحث الأول: التأثر المنهجي في طريقة النظر للغيبيات.