وقد واجه علي مشكلات عديدة في هذه الولايات من انفلات بعضها من سلطانه كاليمن والحجاز ومصر، ومن انتشار الحركة الخارجية ونشاطها في ولايات العراق وفارس، بالإضافة إلى ثورات السكان الأصليين، والتحاق بعض الولاة بمعاوية.
وكان علي ﵁ يراقب ولاته ويسائلهم عن سياستهم تجاه الدولة والرعية، كما فتح بابه لاستقبال شكاوى الرعية ضد الولاة فكان يقول: "اللهم إني لم آمرهم أن يظلموا خلقك أو يتركوا حقك" (١).
وكان علي مدركًا لأهمية وجود السلطة في ديار الإسلام "لابد للناس من إمارة برَّةٍ كانت أو فاجرة، فقيل: يا أمير المؤمنين هذه البرة قد عرفناها، فما بال الفاجرة؟ فقال: يُقام بها الحدود، وتأمن بها السبل، ويجاهد بها العدو، ويقسم بها الفيء".
فالسلطة في نظره إن لم تسموا إلى مقامات عليا من الالتزام بالخير والصلاح والتجرد للحق والعدل، وهي الإمارة البرة التي يتطلع إليها الناس، فإنها نافعة في حالة ضعف التزامها ورقيها الإيماني- المُعبر عنه بالفجور-، وذلك لإقامتها الأمن وإنفاذ الأحكام الشرعية والتوزيع العادل للثروة، وإقامة الجهاد.
وقد ناقش المؤلفون المعاصرون عدة قضايا تخص الولاة في خلافتي عثمان وعلي منها تولية الأقارب حيث أن عثمان عين عددًا من الولاة على البصرة والكوفة والشام ومصر من أقاربه وهم معاوية بن أبي سفيان (الشام) - وكان واليًا لعمر فأقره عثمان-، وعبد الله بن عامر بن كريز (البصرة)، والوليد بن عقبة (الكوفة)، وسعيد بن العاص (الكوفة)، وعبد الله بن سعد بن أبي سرح (مصر)، كما أن عليًا عين أربعة من أبناء عمه العباس بن عبد المطلب على الولايات المهمة (البصرة واليمن والحجاز) وهم على التوالي: عبد الله بن عباس وعبيد الله بن عباس وقُثم بن