هذا، وقد حوت مكتبة الأنصاري أكثر من ألفي مخطوط، جمعها من مكتبات العالم شرقًا وغربًا خلال تطوافه فيها، وعني بها حيث قام بتجليدِها بتجليدٍ فاخر، مع فهرس داخلي لموضوعات بعضها تسهيلًا على الباحث والمطالع.
ومن النفائس التي يحويها قسم المخطوطات بالمكتبة الأنصارية:
(تاريخ دمشق) لابن عساكر، نسختان، منها نسخة المكتبة الظاهرية بدمشق التي يعتمدها محدِّث الديار الشامية ناصر الدين الألباني.
وأجزاء من (تهذيب الكمال) للمزي.
و(التكميل في الجرح والتعديل) لابن كثير، ولم يكمل.
و(المتفق والمفترق) للخطيب.
وكتابي (الإمام) و(الإلمام) لابن دقيق العيد، أجزاء منها.
وغيرها كثير.
هذا، ومكتبته حافلةٌ بالكتب المطبوعة القديمة والحديثة؛ فلقد كان العلامة الأنصاري "﵀" حريصًا على اقتناء الكتب النادرة والطبعات القديمة والحديث، مع متابعةٍ حثيثةٍ لكل جديد يصدر، سيما في علمي الحديث والعقيدة.
ومكتبته مقسّمة إلى أقسام ومرتّبةٌ على حروف المعجم؛ فقسم للعقيدة، وقسم للحديث وعلومه، وقسم للرجال والتراجم، وقسمٌ للتفسير وعلومه، وقسم للفقه وأصوله، وقسم للغة والمعاجم، وقسم للسيرة والتاريخ.
وهناك قسم مخصَّصٌ للرسائل الجامعة، وغالبها مما أشرف عليه أو كان عضوًا في مناقشته، وقسم للفهارس العلمية لمكتبات العالم؛ وأحفل هذه الأقسام