منهج المعجم لما كان معجمنا يتكون في الحقيقة من قسمين اثنين، أو معجمين مستقلين تم الربط بينهما فإن من المنطق أن نتناول منهج كل معجم على حدة. أولًا: معجم ألفاظ القرآن الكريم: لا نتجاوز الحقيقة إذا قلنا إن منهجنا في هذا المعجم فريد في بابه، إذ لم يسبق لأحدٍ اتباعه في كل ما ظهر من معاجم عن ألفاظ القرآن الكريم حتى الآن. وهو بهذا التفرد يتميز على غيره من المعاجم التي قد تشترك معه في جزء أو آخر من أجزاء هذا المنهج. وقد كان هدفنا من وضع هذا المنهج أن يحيط المعجم بأطراف كل كلمة من جميع جوانبها اللغوية، وألا ندع أي معلومة لغوية قد يكون لها دور في إيضاح معنى اللفظ القرآني إلا قدمناها. ونبع حرصنا على التعرض لجميع الجوانب اللغوية للفظ من إيماننا بالحقيقة القائلة: إنه لا يمكن فك مغاليق أيّ نص لغوي دون تحليله إلى مكوناته الأساسية: اللفظية والدلالية، التي تتدخل لتحديد معاني ألفاظه، والتي تشمل جذر الكلمة، ووزنها أو صيغتها الصرفية، ونوعها أو جنسها النحوي الذي تنتمي إليه، والمعنى المعجمي للفظ محكوما بسياقاته الواقعية، ومصاحباته اللفظية التي ورد فيها. وبهذا تنوعت المعلومات اللغوية عن كل كلمة قرآنية لتوفِّي الجوانب الآتية: