ولقد ضل خلائق في شأن الذرة وما زعموا أنها تتركب منه من مكونات تدور حول نواتها حيث سايروا علوم الملاحدة فنتج لديهم أن حركة الكون آلية ميكانيكية وأنها عبارة عن اجتماع وافتراق وحركة وسكون لا تحتاج إلى خالق. وإنما الأصل فاسد ولذلك قام عليه بناء منهار، فالذرة بإقرارهم لا تُرى ولا بأكبر المجاهر، والمادة أصلًا ليست تتكون من الذرة. وقد ذكر شيخ الإسلام أن القول بالجوهر الفرد وهو ذرة هؤلاء باطل لم يقل به أحد من سلف الأمة ولا جمهور الأمة. قال قدس الله روحه: فالقائلون بأن الأجسام مركبة من الجواهر التي لا تقبل التجزي كما يقوله كثير من أهل الكلام وإما من جواهر لا نهاية لها كما يُحكى عن النظام فالقائلون بأن الأجسام مركبة من الجواهر يقولون: إن الله لا يُحدث شيئًا قائمًا بنفسه وإنما يُحدث الأعراض التي هي الاجتماع والافتراق والحركة والسكون وغير ذلك من الأعراض، ثم من قال منهم بأن الجواهر مُحدَثة قال: إن الله أحدثها ابتداء ثم جميع ما يحدثه إنما هو إحداث أعراض فيها لا يُحدث الله بعد ذلك جواهر، وهذا قول أكثر المعتزلة والجهمية والأشعرية ونحوهم. ومن أكابر هؤلاء من يظن أن هذا مذهب المسلمين ويذكر إجماع المسلمين عليه وهو قول لم يقل به أحد من سلف الأمة ولا جمهور الأمة