فحاربهم حَتَّى قَتلهمْ عَن آخِرهم وَفِي سنة ١٤٥ بَايع اهل الْمَدِينَة مُحَمَّد بن عبد الله ابْن الْحسن بن الْحُسَيْن الملقب بِالنَّفسِ الزكية بالخلافة فارسل اليه ابو جَعْفَر عِيسَى ابْن مُوسَى فحاربه وَقَتله مَعَ كثير من اهل بَيته فِي رَمَضَان من السّنة الْمَذْكُورَة وَفِي اثناء ذَلِك كَانَ اخوه ابراهيم قد قصد الْبَصْرَة وَطلب الْبيعَة من اهلها لاخيه مُحَمَّد النَّفس الزكية فَبَايعُوهُ ثمَّ ارسل من استولى على الاهواز وواسط وَلما اتاه خبر قتل اخيه سَار بجموعه قَاصِدا الْكُوفَة فلاقاه عِيسَى بن مُوسَى وَكَانَ قد عَاد من الْمَدِينَة بعد موت مُحَمَّد فحاربه حَتَّى قَتله وَبِذَلِك انْتَهَت هَذِه الْفِتْنَة وامن الْمَنْصُور جَانب العلويين وَفِي اثناء هَذِه الْفِتَن توفّي بِبَغْدَاد الامام الاعظم ابو حنيفَة النُّعْمَان ﵁ ثمَّ تفرغ الْمَنْصُور لبِنَاء مَدِينَة بَغْدَاد وانتقل اليها وَتُوفِّي فِي ٦ ذِي الْحجَّة سنة ١٥٨ وعمره ثَلَاث وَسِتُّونَ سنة وَلم يتبع مَا اوصى بِهِ الْعَبَّاس بل اوصى بالخلافة لِابْنِهِ مُحَمَّد الْمهْدي وخلع عِيسَى ابْن اخيه مُوسَى من ولَايَة الْعَهْد
وَمن اهم اعمال مُحَمَّد الْمهْدي تنظيمه الْبَرِيد وتعميمه بَين الْمَدَائِن الْعَظِيمَة وغزو الرّوم مرَّتَيْنِ بِمَعْرِفَة ابْنه هرون الرشيد وَفِي ايامه ظهر بعض الزَّنَادِقَة فِي حلب فَجَمعهُمْ الْمهْدي وقتلهم عَن اخرهم ومزق كتبهمْ واستمرت خِلَافَته عشر سِنِين وشهرا وَتُوفِّي فِي ٢٢ محرم سنة ١٦٩ بماسندان وعمره ٤٣ سنة فاخذ وَلَده هَارُون الْبيعَة لاخيه مُوسَى الْهَادِي الَّذِي كَانَ يحارب بجرجان وَفِي خلَافَة مُوسَى الْهَادِي بن مُحَمَّد الْمهْدي ظهر الْحُسَيْن بن عَليّ بن الْحسن بن الْحسن