المبحث الحادي عشر الصعوبات التي واجهتني خلال التحقيق ١ - وضع المؤلف للكتاب أكثر من مرة، أو أنه كان دائم التغيير والتعديل فيه، ويظهر هذا في كثرة الفروق، وإتيانها على الصواب في الأعم الأغلب. ٢ - كثرة التصحيفات والتحريفات في نُسَخ الكتاب: قال الطوفي معلقًا على إحدى هذه التصحيفات: "وهذه الكلمات التي حكاها [أي ابن حمدان] عن الشيخ أبي البقاء ذكرها في خطبة كتابه المسمى بـ "تنقيح الخطل في علم الجدل" وإنما قال: أصول الكلام؛ لأن خطبته مسجوعة على هذه القافية، ولا أدري هذا التحريف من ابن حمدان أو من كاتب النسخة التي نقلها منها؟ فإنها نسخة واحدة جاءت من الشام، وكان فيها شيء من سُقم - أعني "أدب المفتي" - فإن كان ذلك فلا كلام، وإن كان التحريف من ابن حمدان فلا أدري لِمَ حرف كلام الشيخ أبي البقاء عن وجهه مع إجلاله بازدواج القرائن ونظم الكلام؟ غير أنه يحتمل أن يكون ذلك من النسخة التي نقل منها ابن حمدان، وهما من كاتبها -أعني "تنقيح الخطل"- ويحتمل أن يكون حَرَّف لفظ "الكلام" إلى لفظ "الدين" لئلا يكون فيه إغراء للطلبة بعلم الكلام، وهو مذموم، وكلا الوجهين بعيد، والأولى إحالة التحريف على النسخة التي نقلنا نحن منها أو على أن الشيخ شُبه عليه في النقل، وذلك مما لا عاصم منه إلا الله".