أمر بحبسه وحُبس ابن عبد الحكم لكونه من جهته فمات، وأقام ابن المنكدر للناس فخاصموه وادعوا عليه دعاوي، فاستمر محبوسًا حتى خرج أبو إسحاق من مصر. وكان عزله في رمضان سنة أربع عشرة، ثم أمر أبو إسحاق بإحضاره إلى العراق، فاخرج في ذي القعدة سنة خمس عشرة فسجنه حتى مات هناك.
قال ابن يونس: وكانت وفاته قبيل العشرين، ولم يول أبو إسحاق على مصر بعد عيسى أحدًا فبقيت مصر بغير قاض إلى أن ولي هارون بن عبد الله الزهري سنة سبع عشرة، ولكن أقام كيدرُ أمير مصر محمد بن مُكْنِف بن عبًّاد ينظر في المظالم ويحكم بين الناس.
وقال يحيى بن عثمان: بقيت مصر بغير قاض سنة خمس عشرة وسنة ست عشرة، فلما قدم المأمون مصر أمر يحيى بن أَكْثَم أن يقضي بين الناس.