وهاتان الطائفتان الخوارج والشيعة ؛ حدثوا بعد مقتل عثمان ، وكان المسلمون في خلافة أبي بكر وعمر وصدراً من خلافة عثمان في السنة الأولى من ولايته ، متفقين لا تنازع بينهم ، ثم حدث في أواخر خلافة عثمان أمور أوجبت نوعاً من التفرق ، وقام قوم من أهل الفتنة والظلم فقتلوا عثمان فتفرق المسلمون بعد مقتل عثمان ، ولما اقتتل المسلمون بصفين واتفقوا على تحكيم حكمين .

خرجت الخوارج على أمير المؤمنين علي بن أبي طالب وفارقوه وفارقوا جماعة المسلمين إلى مكان يقال له حروراء، فكف عنهم أمير المؤمنين وقال : لكم علينا أن لا نمنعكم حقكم من الفيء . . ولا نمنعكم المساجد إلى أن استحلوا دماء المسلمين وأموالهم ، فقتلوا عبد الله بن خباب، واغاروا على سرح المسلمين فعلم علي أنهم الطائفة التي ذكرهم رسول الله صلى الله عليه وسلم حيث قال: ((يحقر أحدكم صلاته مع صلاتهم وصيامه مع صيامهم وقراءته مع قراءتهم يقرءون القرآن لا يجاوز حناجرهم يمرقون من الدين كما يمرق السهم من الرمية أيتهم فيهم رجل مخدج اليد عليها بضعة عليها شعرات)) وفي رواية: («يقتلون أهل الإسلام ويدعون أهل الأوثان، خطب الناس وأخبرهم بما سمع من رسول الله صلى الله عليه وسلم وقال: هم هؤلاء القوم ، قد سفكوا الدم الحرام وأغاروا على سرح الناس فقاتلهم ، ووجد العلامة بعد أن كاد لا يوجد فسجد لله شكراً .

وحدث في أيامه الشيعة ، لكن كانوا مختفين بقولهم لا يظهرونه لعلي وشيعته ، بل كانوا ثلاثة طوائف .