منهج التربية الإسلامية يوجب على الباحث أن لا يعمل بتلك الأدوات في معزل عن المنهج الإسلامي الذي يعتمد في قضاياه الكلية والجزئية على الكتاب والسنة؛ لأنه ما من بحث تربوي يسير في معزل عن منهج التربية الإسلامية إلا ويحيد عن الطريق في النتائج والتحليل.
ومثال ذلك: التجارب الفيزيائية والكيميائية والبيولوجية التي دُرست دراسة معملية في معزل عن الشرع الحكيم نجد أنها حادت عن الطريق، وساهمت في هدم البشرية، بقدر ما حققت من تقدم علمي عالمي، وسيأتي توضيح لذلك في مشروعية الهدف.
٢- المشروعية في المنهج:
وذلك أن يكون المنهج المتبع منهجًا سليمًا بعيدًا عن الخداع والتلاعب في جمع المعلومات، وفي طرح النتائج وتحليلها، بل يجب أن يعتمد على مصادر صحيحة سليمة، ويعالجها بمنهجية دقيقة صحيحة، وهذا يتطلب البعد عن المنهج الفلسفي القائم على الأفكار الذاتية اللادينية، والبعد عن النظريات ذات المنطلقات غير الشرعية، والاستخدام العكسي للأدوات البحثية، حيث تمخض سوء استخدام أدوات البحث التجريبي التربوي عن دراسات ميدانية خاطئة، أجريت على بعض الأفراد؛ ولذلك تؤكد مناهج البحث العلمي على خطورة نتائج مثل تلك الدراسات التي تعتمد على منهجية خاطئة.
ومن الصعوبات المنهجية التي تواجه الدراسات الميدانية على الإنسان ما يلي:
أ - صعوبة التعرف على جميع العوامل المتغيرة التي قد تؤثر في نتائج تجربة ما، فعلى سبيل المثال نجد أنه في أية دراسة خاصة بالأفراد يكاد يكون من المستحيل عزل وضبط كل عامل يحتمل أن يكون له أي تأثير في التغيرات