والمتتبّع لدراسات هؤلاء يرى خللًا عند الكثير منهم، لا سيما في المنهج الذي اعتمدوه، يقول أبو الحسن الندوي: "ومن دأب كثير من المستشرقين: أتهم يعيِّنون لهم غاية ويقررون في أنفسهم تحقيق تلك الغاية بكلّ طريق، ثم يقومون لها بجمع معلومات - من كلّ رطبٍ ويابس - ليس لها أيّ علاقة بالموضوع، سواء من كتب الديانة والتاريخ، أو الأدب والشّعر، أو الرواية والقصص، أو المجون والفكاهة، وإنْ كانت هذه المواد تافهة لا قيمة لها، وُيقدّمونها بعد التمويه بكلّ جرأة، ويبنون عليها نظريّة لا يكون لها وجود إلَّا في نفوسهم وأذهانهم ". فصار هؤلاء يجمعون الصحيح والسَّقيم، من غير تمييزٍ بينهما، وقد يرجّحون السقيم وحجّتهم التوهّم، وطبيعة هذا المنهج يصفها المستشرق آرثر جفري بقوله: "وأمّا أهل التنقيب، فطريقتهم في البحث أن يجمعوا الآراء والظّنون والأوهام والتصوّرات بأجمعها؛ ليستنتجوا - بالفحص والاكتشاف - ما كان مطابقًا للمكان والزمان وظروف الأحوال معتبرين المتن دون الإسناد".